Malmsjön är belägen söder om Vårsta samhälle och ingår i Kagghamraåns avrinningsområde. Kagghamraån har fyra huvudgrenar och Malmsjön ingår i Axågrenen som avvattnar nordvästra delen av avrinningsområdet. Axågrenen startar med Skälbyån i Södertälje kommun och rinner sedan via sjöarna Somran och Malmsjön. Efter Malmsjön byter den namn till Axån, och rinner vidare genom sjöarna Gölan och Axaren, för att Rosenhill rinna ihop med Norrgaån. Detta är början på Kagghamraåns huvudfåra. I avrinningsområdet kallat Malmsjöns utlopp ingår också de uppströms belägna Brosjön, Mellansjön och Övrasjön, norr om Malmsjön.
Malmsjön
- Allmänt
- Beskrivning
I Malmsjöns delavrinningsområde ingår även Brudträsket (ibland kallad Getryggen), en liten (0,025 km2) sjö s om är ildad i en dödisgrop. Den saknar dock utlopp och avvattnas därför inte till Malmsjön. Både Malmsjön och uppströms liggande Somran är sänkta.
Malmsjön har haft stora problem med övergödning och algblomningar har förekommit regelbundet. Sjön har haft en stor extern belastning, genom att den var recipient för renat avloppsvatten från Vårsta fram till 1974, då området anslöts till det då nybyggda Himmerfjärdsverket. Fram till 1976 var sjön, via Somran och Skälbyån, recipient för lakvatten från Södertäljes soptipp vid Hall. Tidigare fanns också många enskilda avloppsanläggningar i avrinningsområdet, men de flesta av dessa anslöts till Himmerfjärdsverket kring millennieskiftet. Malmsjöns vattenkvalitet påverkas av dagvatten från Vårsta, kringliggande åkermark, golfbana samt enskilda avlopp längs Skälbyån i Södertälje. Sjön hade tidigare en stor intern fosforbelastning, vilket innebar att fosfor frigjordes från bottensedimenten vid låga syrehalter. För att komma tillrätta med problemen utfördes en fosforfällning i sedimenten 2007. Halterna av näringsämnen i sjön sjönk då kraftigt.
En mindre mängd av dagvattnet från centrala Vårsta renas i dagvattendammar innan det når Malmsjön.