Botkyrkas kustvatten kan indelas i fyra fjärdar: Kaggfjärden, Himmerfjärden, Näslandsfjärden och Hallsfjärden. Fjärdarna används flitigt av allmänheten för bad, fiske, segling och andra vattenbundna aktiviteter. Farleden genom Halls-, Näslands- och Himmerfjärden används även frekvent av yrkessjöfarten. Kustvattnen är också hem, rastplats och uppväxtmiljö för en mängd fisk- och fågelarter samt andra vattenlevande organismer.
Botkyrkas kustvatten är idag mer eller mindre övergödda till följd av nutida och historiska utsläpp av näringsämnen från avlopp och jordbruk. Vattenkvaliteten i Botkyrkas fjärdar påverkas främst av utsläppen från Himmerfjärdens avloppsreningsverk. Andra betydande utsläpp kommer ifrån enskilda avlopp och åkermark inom avrinningsområdet. Inströmning av näringsrikt bottenvatten utifrån Östersjön har också betydande påverkan på vattenkvaliteten. Andra föroreningskällor är förorenat dagvatten och förorenade bottensediment.