Havs- och vattenmyndigheten klassificerar ekologisk status samt kemisk status för samtliga ytvattenförekomster. Ekologisk status är en sammanvägd bedömning av biologiska kvalitetsfaktorer (ex. fisk, växtplankton, bottenfauna), fysikalisk-kemiska kvalitetsfaktorer (ex. fosforhalt, siktdjup och särskilt förorenande ämnen) samt hydromorfologiska kvalitetsfaktorer (fysiska förhållanden i vattnet och närmiljön). Kvalitetsfaktorerna som ingår i klassningen av ekologisk status skiljer sig dock något åt beroende på om det handlar om sjöar, vattendrag eller kustvatten.